参考までにリソースモニタを使用し、サービスプログラムのモニタを行ってみました。

動作環境は以下のとおりです。
サーバ
　CPU　インテル Pentium(R) III プロセッサ　133MHz
　Memory　130,520KB RAM
　OS　Windows2000 Server SP4
　HDD 36GB-SCSI 10000rpm

設定条件
　設定フォルダ数　28フォルダ
　ひとつのフォルダが、1.03GBの容量でファイル数　9,279　フォルダ数　211という内容です。
　容量チェック間隔を10分間隔としました。

モニタは、2秒おきにCPU使用率などの各項目について計測しました。
下記URLに計測結果のPDFファイルを添付いたします。
http://www.quotasystem.net/winquotaas/winquotaservice.pdf

10分おきにCPU使用率があがっているのがおわかりになると思います。
約1GBのフォルダ28個をチェックするのに約1分半かかっており、CPU使用率は最大で約20%というところでしょう
か。
ですので、デフォルトのチェック間隔ですと、この条件ではやはり厳しいのかなという感じがいたします。

以上です。